براساس طب سنتی ایرانی، سیر طبیعتی گرم و خشک دارد و مسهل بلغم و سودا و صفرا و اخلاط سوخته، مدر و جلابخش پوست است و جهت مفاصل و امراض بلغمی و سوداوری مفید است.
سیر گیاهی چند ساله است که پیاز آن ۳۰ تا ۶۰ سانتی‌متر طول دارد. بخش زیرین گیاه شامل اجزای پیاز است که تعداد زیادی ریشه دارد. پیاز با برگ‌های باریک زورقی شکل و مثل چمن از زمین بیرون می‌آید. جنوب آسیا منشا اصلی گیاه در نظر گرفته می‌شود اما با کشت شدن به مدیترانه هم راه یافته است. در ایران نیز در بیشتر نواحی دیده می‌شود. بخش مورد استفاده آن بنه تازه یا خشک شده گیاه است.
سیر تجمع پلاکت‌ها را در خون مهار می‌کند. همچنین به نظر می‌رسد به وسیله شل کردن مستقیم عضلات صاف، مقاومت عروقی را کاهش دهد. سیر برای تصلب شرایین، افزایش فشارخون و افزایش سطح کلسترول موثر است.
در طب مردمی به صورت خوراکی برای رفع التهاب دستگاه تنفسی، سیاه سرفه و برونشیت مصرف می‌شود. همچنین از سیر برای بهبود ناراحتی‌های گوارشی به خصوص مشکلات هاضمه همراه با نفخ و اسپاسم گوارشی استفاده می‌شود.
سایر موارد استفاده از سیر شامل دردهای قاعدگی، دیابت و تونیک در بیماری‌های مختلف که همراه با ضعف باشد، است. از سیر به شکل موضعی برای درمان زگیل، میخچه، پینه، التهاب گوش، درد عضلانی، دردهای عصبی، آرتریت و سیاتیک استفاده می‌شود.
بنابر اعلام دفتر طب ایرانی و مکمل وزارت بهداشت، این گیاه در طب سنتی با نام ثوم یا سیر شناخته می‌شود. طبیعت آن گرم و خشک است و خواص آن شامل مسهل بلغم و سوداء و صفرا و اخلاط سوخته، مدر، جلابخش پوست است و جهت مفاصل و امراض بلغمی و سوداوری مفید است. در دستگاه گوارش جهت قولنج و بواسیر مصرف می‌شود. برای جنون، صرع، سردرد مزمن، درد شقیقه و جهت وسواس سوداوی آن را مفید دانسته‌اند. با این حال گفته شده که محرک باد شکم و برای چشم مضر است چون آن را خشک می‌کند.
سیر جهت درد مفاصل مفید است و نقرس و درد کمر را بهبود می‌بخشد. جهت تنگی نفس، تقویت قلب، خارش تن، منع ریختن موی و با حنا جهت سیاه کردن آن نیز به کار می‌رفته است. التیام زخم کهنه و بهبود ترک خوردگی دست و پا نیز از اثرات دیگر سیر است.
سیر ایجاد کننده اندوه زیاد، پیچش شکم و دل بهم خوردگی، کاهنده میل جنسی در افراد گرم مزاج است و در افراد سرد مزاج میل جنسی را افزایش می‌دهد. بدل آن تربد، هلیله زرد و بنفشه و مصلح آن شکر است.
افرادی که داروی وارفارین، آسپرین، یا داروهای ضد پلاکتی دیگر یا عوامل حل کننده لخته مثل هپارین را مصرف می‌کنند ممکن است با مصرف سیر و سایر مشتقات تهیه شده از آن دچار افزایش زمان خونریزی شوند. بنابراین در مصرف همزمان این دو فرآورده باید با پزشک مشورت کنند. همچنین مصرف سیر با داروهای مهار کننده پروتئاز منع شده است.
در برخی موارد ممکن است واکنش‌های حساسیتی مانند التهاب پوست و یا حملات آسمی پس از استنشاق پودر دارو بروز کند. افرادی که به پیاز یا لاله حساسیت دارند ممکن است به سیر نیز حساسیت داشته باشند. مصرف سیر و فرآورده‌های حاوی آن با معده خالی ممکن است باعث ایجاد سوزش سر دل، تهوع، استفراغ و اسهال شود.
مصرف مقادیر زیاد سیر ممکن است باعث افزایش خطر خونریزی پس از جراحی شود. در افراد با آلرژی نسبت به سیر نباید از این ماده مصرف شود. همچنین حداقل ۱۰ روز قبل از اعمال جراحی نیز مصرف سیر باید قطع شود.