زیاده‌روی در مصرف انواع پنیر می‌تواند عوارض جانبی زیادی داشته باشد و سلامت بدن را تحت تأثیر قرار دهد که برخی از آنها عبارتند از:
۱) مشکلات گوارشی
خوردن زیاد پنیر در کوتاه‌مدت باعث ناراحتی و نفخ و مصرف بیش از حد آن در طولانی‌مدت منجر به یبوست مزمن می‌شود.
۲) بیماری قلبی
خوردن بیش از حد پنیر می‌تواند شما را در معرض بیماری قلبی قرار دهد، زیرا سطوح بالای سدیم، فشار خون را افزایش می‌دهد. هم‌چنین چربی اشباع‌شده پنیر در بالا رفتن کلسترول بد نقش دارد.
۳) آکنه
برخی افراد ممکن است در نتیجه مصرف بیش از حد پنیر دچار جوش‌های پوستی یا تشدید آکنه شوند. این اتفاق را می‌توان به هورمون‌های موجود در لبنیات نسبت داد که می‌توانند تولید سبوم را تحریک کرده و منافذ پوست را مسدود کنند.
۴) سرطان
پنیر حاوی چربی‌های اشباع‌شده است و این موضوع با افزایش خطر ابتلا به سرطان روده بزرگ مرتبط است. علاوه بر این، برخی مطالعات نشان می‌دهد که بین مصرف لبنیات از جمله پنیر و افزایش خطر ابتلا به سرطان پروستات و پستان ارتباط وجود دارد.