وجود تومور و بدخیمی‌ها، ایجاد لخته خونی در اندام‌ها و عفونت بافتی از
جمله موارد ممنوعیت انجام ماساژ است.
در مواردی، با نظر پزشک و در صورت لزوم می‌توان ماساژ انجام داد.
ماساژ جوشگاه زخم، در حالتی که هنوز بهبود نیافته، ممنوعیت نسبی دارد.
در بیمارانی که تحت درمان با داروهای ضدانعقاد خون مثل وارفارین یا هپارین
هستند نیز ماساژ ممنوعیت نسبی دارد.
التهاب پوستی نیز ممکن است با ماساژ آسیب ببیند و مورد دیگری از ممنوعیت
انجام ماساژ است.
همچنین آترونی پوستی نیز شامل ممنوعیت نسبی ماساژ است. در این بیماری
پوست نازک شده و در معرض آسیب بیشتر زخم و عفونت است و نباید ماساژ روی آن انجام شود.
برخی حرکات مانیپولاسیون تحت عنوان جااندازی، توسط ماساژور‌ها انجام می‌شود
که می‌تواند بسیار آسیب رسان باشد و جز برنامه ماساژ محسوب نمی‌شود.
در بعضی شرایط استفاده از ماساژ بویژه برای ورزشکاران به جای آنکه مفید
واقع شود، اثرات سوئی روی بدن به جای می‌گذارد.
در مواردی مانند بالاتر بودن دمای بدن از 37.7 درجه سانتی‌گراد، عوارض
و آسیب‌هایی چون ورم شدید، التهاب مفاصل، سوختگی، زخم‌های باز، کشیدگی عضلانی، پارگی
رباط، کوفتگی، سرمازدگی و سوختگی، بیماری‌های عروق خونی مانند واریس سیاهرگی، التهاب
سیاهرگی و ترومبوز یا تشکیل لخته در عروق خونی و بیماری‌های عفونی پوست نباید از ماساژ
درمانی استفاده کرد.