بیمارى هیرشپرونگ به‌علت عدم مهاجرت سفالوکودال سلول‌هاى عصبى پاراسمپاتیک میانتریک به نواحى انتهائى روده به‌وجود مى‌آید. بنابراین فقدان سلول‌هاى گانگلیونیک همیشه از مقعد شروع‌شده و به میزان مختلفى به‌سمت پزوگزیمال کشیده مى‌شود. رودهٔ فاقد گانگلیون یک انسداد عملکردى ایجاد مى‌کند زیرا امواج طبیعى پیشبرنده وجود نداشته و روده در پاسخ به اتساع مثل یک تودهٔ منقبض عمل مى‌کند. در ۱۰درصد موارد فقط یک قسمت کوتاه در انتهاى رکتوم فاقد گانگلیون وده و در ۶۵درصد موارد بیمارى تا کولون سیگموئید انتشار یافته است. درگیرى قسمت‌هاى ابتدائى‌تر کولون در ۱۰درصد موارد و درگیرى تمام کولون به‌همراه روده کوچک در ۱۵-۱۰درصد موارد دیده مى‌شود. بیمارى در جنس مذکر ۵ بار شایع‌تر از جنس مؤنث بوده اما این امر در مواردى از بیمارى که طول قطعهٔ گرفتار اندازهٔ معمولى دارد؛ صدق مى‌کند و در جنس مؤنث قطعات طویل‌ترى از روده گرفتار مى‌شود. بروز خانوادگى بیمارى در ۱۰-۵درصد موارد دیده مى‌شود و در جنس مؤنث شایع‌تر است. در موارد خانوادگى طول قطعهٔ گرفتار مشابه است. هم‌چنین سایر ناهنجارى‌ها مثل سندرم داون در ۱۵-۱۰درصد موارد همراه با بیمارى هستند.
براى رفع انسداد روده بزرگ و انتروکولیت ابتداء یک لولهٔ بزرگ در رکتوم قرار داده، به‌طور مکرر کولون را با محلول سالین شستشو مى‌دهیم. براى اطفال زیر یکسال باید یک کولوستومى مقدماتى انجام داد. کولوستومى باید در ناحیهٔ بینابینى انجام شود و وجود سلول‌هاى گانگلیونى در محل کولوستومى به‌وسیله بیوپسى تائید گردد. در کولونى که تمام طول آن فاقد گانگلیون است، انجام ایلئوستومى ضرورى است. از آن‌جائى که در نوزادان قوس‌هاى کولوستومى مستعد پرولاپس هستند بهتر است که روده را بریده و انتهاى دیستال آن بسته شود و سپس با بخیه‌زدن قسمت مخاطى - عضلانى روده به لایه‌هاى دیوارهٔ شکم، قسمت پروگزیمال کولون را بیرون کشید. جراحى قطعى را باید هنگامى که وزن بیمار حدود ۹ کیلوگرم رسید، انجام داد
بررسی ژنتیک در صورت وجود بیماری در خانواده لازم است.
داشتن ژن بیماری
نشانه‌هاى بیمارى از حیث شدت بسیار متفاوت بوده اما تقریباً همیشه در اوایل تولد بروز مى‌کنند. نوزاد در ۲۴ ساعت اول مقدار کمى مکونیوم دفع کرده یا اصلاً دفع نمى‌کند و پس از آن معمولاً دچار یبوست مزمن یا متناوب مى‌شود. سپس اتساع شکمی، استفراغ، امتناع از خوردن، اسهال، بى‌توجهى (Listlessness)، تحریک‌پذیرى و اختلال در رشد و نمو بروز مى‌کند. معاینهٔ رکتوم نوزاد ممکن است باعث خروج ناگهانى گاز و مدفوع شده و به‌طور قابل ملاحظه‌اى اتساع شکم را کاهش دهد. به‌هرحال در موارد اسهال بدبو و اتساع شکمى باید بیمارى هیرشپرونگ در نظر گرفته شود مگر اینکه براى آن علت دیگرى تائید شود. دفع گاز و مدفوع نیاز به فشار زیادى داشته و قطر مدفوع کم است. این کودکان شل و کند بوده و اندام‌هاى لاغرى دارند. لبه‌هاى دنده‌اى در این کودکان نامنظم شده است. در کودکان بزرگتر معاینهٔ رکتوم معمولاً یک مقعد طبیعى یا منقبض و خالى از مواد دفعى را نشان مى‌دهد. مواد دفعى سفت‌شده در کولون سیگموئید بسیار متسع، از روى قسمت تحتانى شکم قابل لمس مى‌باشند.
میزان مرگ‌ومیر مگاکولون بدون گانگلیون درمان نشده در نوزادان مى‌تواند به ۸۰درصد برسد. علت اصلى مرگ و میر انتروکولیت غیرباکتریال و غیرویروسى است. این مشکل بیشتر در نوزادان رخ مى‌دهد ولى ممکن است در هر سنى دیده شود. هیچ ارتباطى بین طول قطعهٔ بدون گانگلیون و وقوع انتروکولیت وجود ندارد. سوراخ‌شدگى کولون و آپاندیس مى‌تواند به‌دلیل انسداد روده در قسمت‌هاى دیستال ایجاد شود. هم‌چنین آترزى قسمت‌هاى انتهائى رودهٔ باریک یا کولون، ثانوى به انسداد روده و به‌دلیل بیمارى هیر شپرونگ در رحم ایجاد مى‌شود. نشت از آناستوموز به‌همراه آبسه‌هاى لگنى و اطراف رکتوم جدى‌ترین عارضهٔ درمان جراحی است. براى درمان این عارضه باید فوراً کولوستومى پروگزیمال انجام داد تا محل آناستوموز التیام یابد. اگر روده به حد کفایت آزاد نشده باشد ممکن است به‌علت فشار روى عروق مزانتر، قسمت تحتانى فشار کولون، نکروز شود. گاه قطع شریان مزانتریک تحتانى لازم مى‌باشد. به‌همین دلیل باید از کولوستومى عرضى چپ اجتناب شود (مگر اینکه محل قرارگیرى ناحیهٔ بینابینى باشد) چرا که در این حالت ممکن است عروق جانبى بین شریان‌هاى کولیک چپ و میانى قطع شود.